Einstreu gehört zu den Basics im Mäusekäfig. Welche es sein soll, kann dabei von Mausart zu Mausart recht unterschiedlich sein. In der Regel sind als Einstreu verkaufte Medien chemisch unbedenklich. Das gilt jedoch nicht für Katzenstreu – die ja nicht als Käfigeinstreu gedacht ist – und auch nicht für Einstreusorten mit Duftstoffen.

Das zentrale Merkmal einer Einstreu ist die Menge an Flüssigkeit – sprich Urin – die sie aufnehmen kann. Diese Eigenschaft ist vor allem bei Arten wichtig, die mit Wasser nicht haushalten. Dazu gehören unter anderem Farbmäuse, Streifenmäuse und Rötelmäuse. Bei ihnen muss die Streu große Mengen Feuchtigkeit aufnehmen können.
Bei der Bindung von Gerüchen lässt sich die Daumenregel aufstellen: Je besser eine Einstreu Urin absorbiert, umso besser nimmt sie auch Gerüche auf. Deshalb riechen auf Quarzsand beispielsweise auch die Arten unangenehm, die normalerweise nicht müffeln.
Ob eine Einstreu neben Urin auch Fett aufnimmt, ist vor allem für Sandbader interessant. Arten wie Fettschwanz-Rennmäuse, Bleiche Rennmäuse oder Maushamster verfetten schnell im Fell, wenn sie den falschen Untergrund bekommen. Für nicht sandbadende Arten ist dieses Kriterium unerheblich.

Der Staubgehalt ist vor allem für empfindliche Mäuse und Halter interessant. Vor allem Farbmäuse und andere nicht sandbadende Arten sollten eine möglichst staubarme Streu bekommen. Von staubiger Einstreu entwickeln vor allem Farbmäuse sonst sehr schnell Lungenprobleme.
Staubarme Streu ist außerdem für menschliche und mäusische Allergiker besonders wichtig.

Ob Gangbauten in der Einstreu halten, ist vor allem für buddelnde Arten interessant. Hier punkten neben verschiedenen  Sorten der Holzeinstreu auch Humus, Erde und Sand. Wie gut die Gänge halten, hängt aber vor allem bei den letzten drei davon ab, wie trocken sie sind, wenn Ihre Tiere darin graben. Komplett durchgetrocknet hält nur Holzstreu die Gänge.