Die eigentliche Pflanze und ihre Saat sind in der Regel unbedenklich. Allerdings kann sie in seltenen Fällen Allergien verursachen. Vor allem Pollenallergiker können mit Anis Probleme bekommen.
Aufgrund der östrogenen Wirkung des Anis sollten Sie ihn auch nicht an Mäuse mit Mammatumoren verfüttern. Außerdem kann das Öl abtreibend wirken. Verfüttern Sie daher Anis an tragende Tiere nur in sehr geringen Mengen oder im Zweifel vorsichtshalber gar nicht.

Problematischer ist das reine ätherische Öl. Es ist schon in Mengen von wenigen Millilitern toxisch und kann starke Übelkeit auslösen. Außerdem enthält das Öl den Bestandteil Eugenol, der sich im Tierversuch als erbgutverändernd und krebserregend erwiesen hat. Sein Anteil im Anisöl ist jedoch so gering, dass eine Fütterung der Pflanze und ihrer Saat in einer variationsreichen Fütterung sehr wahrscheinlich unbedenklich ist.

Wechselwirkungen von Anis mit Medikamenten sind nicht bekannt.