Kokzidien sind eine Ordnung der Protozoen zu denen unter anderem die Gattungen Eimeria, Cryptosporidium und Toxoplasma gehören. Dieser Text befasst sich mit der Infektion durch Protozoen der Gattung Eimeria.
Bei Ratten finden sich unter anderem Eimeria nieschulzi, E. contorta und E. separata, bei Mäusen E. falciformis, E. ferisi und E. hansonorum sowie Klosiella muris. Vor allem E. falciformis ist bei wilden Mäusen häufiger nachweisbar. Klosiella muris verursacht bei Wildmäusen Nierenkokzidosen. In Haustierbeständen findet sich Klosiella quasi nie. Eine Infektion ist bei in der Natur gefundenen, ausgesetzten Mäusen jedoch grundsätzlich möglich.
Hamster können ebenfalls von Kokzidien befallen werden.

Eimerien sind wirtsspezifisch, leben intrazellulär parasitisch in höheren Tieren und befallen dort vorwiegend deren Magen-Darm-Trakt.
Sie benötigen für ihre Fortpflanzung nur einen Wirt, durchlaufen jedoch ein recht komplexes Schema, das sich in zwei Zyklen teilt. Der erste Zyklus, der so genannte exogene Zyklus, beginnt mit der Ausscheidung unsporulierter Oozysten, die sich über das 2-Zellen-Stadium zu sporulierten Oozysten, der Dauerform der Kokzidien, entwickeln. Diese werden dann wieder von einem Wirt aufgenommen. Für diesen Teil ihrer Entwicklung benötigen Kokzidien eine Temperatur von 20 bis 40°C (ideal 30-37°C), Feuchtigkeit und Sauerstoff. Unter optimalen Bedingungen dauert dieser Zyklus dann bis zu 16h, sonst länger. Die entstehenden sporulierten Oozysten sind gegenüber den meisten Desinfektionsmitteln resistent.
Der zweite Zyklus, auch intestinaler Zyklus genannt, beginnt mit der Aufnahme sporulierter Oozysten. Zuerst erfolgt die asexuelle Reproduktion (Schizogonie). Dabei werden aus der Oozyste sogenannte Sporozoiten freigesetzt. Diese dringen in die Darmzellen des Wirtes ein und teilen sich dort. Bis zu 100 Merozoiten können pro Elterntier entstehen. Diese durchbrechen und zerstören die Darmzelle, so dass sie sich wieder frei im Darm bewegen. Dieser Vorgang wiederholt sich mehrere Male. In dieser Phase werden viele Darmzellen zerstört und es treten Symptome auf.
Nach der Schizogenie folgt die sexuelle Reproduktion, die Gametogonie. Bei dieser befallen die Merozoiten weitere Darmzellen und entwickeln dort Geschlechtszellen, die sich dann befruchten und neue Oozysten entwickeln. Diese werden dann ausgeschieden und reifen wieder innerhalb von 3 bis 6 Tagen zu ihrer infektiösen Form heran.
Die Oozysten der Kokzidien sind äußerst widerstandsfähig und sind daher über mehrere Monate infektiös. Unter guten Bedingungen können sie in feuchten Bereichen bis zu 10 Jahre überleben!