Der Wirkstoff von Baycox, Toltrazuril, besitzt eine breite Wirkung gegen viele Kokzidiengattungen und kann gegen fast alle Kokzidienarten der Nagetiere einschließlich Sarcocystis und Toxoplasma eingesetzt werden. Hierbei sind die verschiedenen Entwicklungsstadien der Parasiten unterschiedlich empfindlich gegenüber dem Wirkstoff.

Toltrazuril greift bei den verschiedenen Parasiten in unterschiedlichem Maße die erste und zweite Schizontengeneration sowie Mikro- und Makrogamonten an. Es besitzt zudem eine Wirkung gegen freie Sporozoiten und Merozoiten. Bei den sensiblen Stadien wirkt es im perinukleären Raum, im Golgi-Apparat  und im endoplasmatischen Retikulum der Parasitenzelle. Es stört die Kernteilung, hemmt die Pyrimidinsynthese im Kern und reduziert die Enzyme in der mitochondralen Atmungskette. Es stört also auch die Energiegewinnung der Zelle.
Bei Eimerien schädigt Toltrazuril die intrazellulären Entwicklungsstadien, indem es die Entwicklung der ersten und zweiten Schizontengeneration hemmt. Bei Hepatozoon reduziert es die Sporozystenzahl erheblich, Gamonten überleben jedoch zum größten Teil. Bei Isospora, Sarcocystis und Toxoplasma wirkt Toltrazuril gegen alle im Verdauungstrakt befindlichen Entwicklungsstadien.

Sind die Mäuse permanent geringen Mengen an Oozysten ausgesetzt, stört Toltrazuril die Ausbildung einer Immunität nicht, sondern stimuliert sie eher.

Toltrazuril und sein Hauptmetabolit Toltrazurilsulfon verteilt sich im gesamten Körper. Die höchste Konzentration des Wirkstoffes findet sich jedoch in der Leber. In nennenswerten Mengen findet es sich außerdem in der Niere, in der Muskulatur und im Fettgewebe.

Bei oraler Gabe wird der Wirkstoff bei kleinen Tieren schnell und zu mindestens 70% resorbiert. Ratten erreichen die maximale Serumkonzentration nach 8h (Männchen) bzw. 24h (Weibchen). Im Stoffwechsel wird es zum kurzlebigen Toltrazurilsulfoxid metabolisiert. Langsamer entsteht parallel die aktive Form, das Toltrazurilsulfon.

Ausgeschieden wird der Wirkstoff hauptsächlich über den Kot (Farbratte: 84 – 96%) und nur in kleinen Mengen über den Urin (Farbratte: 2 – 6%). Unter den ausgeschiedenen Stoffen ist hauptsächlich unverändertes Toltrazuril, bis zu 16% Toltrazurilsulfon bei Ratten und weniger als 1% anderer Metabolite des Wirkstoffes.
Auch die Eliminationshalbwertszeiten schwanken bei Ratten zwischen den Geschlechtern stark. Sie liegen bei ca. 23h für Männchen und bei 75h für Weibchen.

Toltrazuril erreicht keine Depotwirkung im Körper.