Die meisten Mäusearten verbringen etwa die Hälfte des Tages, mitunter sogar mehr, mit Schlafen. Ob sie den Schlaf am Stück genießen oder in recht regelmäßige Abschnitte unterteilen, hängt von der Art und auch von der Größe der Art ab. In der Regel wachen kleine Arten öfter auf, um zu fressen, während größere Arten es sich leisten können durchzuschlafen.
Auch in der Tiefe des Schlafes gibt es Unterschiede. Während beispielsweise Knirpsmäuse oder Streifengrasmäuse sofort wach sind, wenn sie gestört werden, können Sie tief schlafende Fettschwanz-Rennmäuse oder auch Bleiche Rennmäuse quasi wegtragen, während die Tiere weiterschlafen. Sie werden daher manchmal vom erschrockenen Halter im ersten Moment sogar für tot gehalten.

Wider die Annahme mancher Halter lässt sich der Schlafrhythmus weder einfach „umzüchten“ noch „umerziehen“. Selbst den Labormäusen ist der den wilden Verwandten angeborene Tag-Nacht-Rhythmus noch eigen, obwohl diese schon viele Generationen in Gefangenschaft mit teils künstlichen Lichtrhythmen leben. Ablesen lässt sich das unter anderem an der Herzfrequenz, die Spitzen – und damit Aktivitätsbereitschaft – in der natürlichen Wachphase der Mäuse hat und einen Tiefpunkt während der natürlichen Ruhephase. Sie besitzen also, wie der Mensch auch, eine innere Uhr bzw. sogar mehrere. Diese inneren Uhren werden von Wissenschaftlern auch als endogene Oszillatoren bezeichnet und sitzen im ZNS. Sie steuern beispielsweise Aktivität und Körpertemperatur. Interne und externe Faktoren synchronisieren diese inneren Uhren mit dem zirkadianen, dem 24-h-Rhythmus. Solche Faktoren sind beispielsweise Licht, aber auch soziale Interaktion und andere Phänomene.

Neben der Inneren Uhr kontrollieren homöostatische und allostatische Mechanismen, welche Maus wieviel schläft. Während die Homöostase dafür sorgt, dass nach einer Wachphase eine entsprechend lange Schlafphase folgt, sorgt die Allostase für mehr Schlaf, wenn dieser gebraucht wird (z.B. bei einer Erkrankung).

Der Schlaf wird bei Säugetieren unterschieden in REM- und Nicht-REM-Schlaf.